編集部による考察：デジタル植物学、一つずつ物語を紡いでいく

Juniper Kiss ２０１８年６月１８日所要時間

Botany One誌のデジタル植物学特集号が終わりに近づくにあたり、本稿では、デジタル生物多様性革命の背後にある人々、プラットフォーム、そして隠れた労働について振り返る。

https://www.botany.one/editorial-reflection-digital-botany-one-story-at-a-time/

なんて月だったんだろう。 Botany Oneのデジタル植物学特集号キュー王立植物園は、世界の植物と菌類の現状2026年版報告書タイミングはこれ以上ないほど完璧だった。

6月16日に発表されたこの報告書は、デジタル生物多様性革命の規模を示している。1億4500万点を超える保存された植物および菌類の標本記録が、現在、世界のデジタル生物多様性の状況の一部となっており、この報告書は40か国170以上の機関に所属する400人以上の科学者の研究に基づいている。

本特集号では、より身近な視点から同じ物語を伝えています。植物学者、学芸員、種子バンク関係者、菌類学者、データ管理者、ソフトウェア開発者、アーティスト、ボランティア、学生、市民科学者、地域パートナー、そしてデジタル植物学を可能にするライターなど、記録の背後にいる人々に話を聞くことで、その革命がどのようなものかを具体的に示しています。

報告書によると、デジタル生物多様性革命は進行中である。本号では「誰がそれを成し遂げているのか」と問いかける。

デジタル植物学特集号で紹介された人々の一部。情報源：ジェニファー・C・ロペス博士、トールステン・クローマー博士、カルロス・レーネバッハ、ルーシー・シュレーダー、マリア・スサナ・サンチェス・チャベス、ボブ・オールキン、ダルラボ/北極圏植物調査：ヌナブト準州 2023.

特集号の記事一覧

フレームの設定

Botany Oneのデジタル植物学特集号をご紹介します今月の計画を策定する：植物データの起源から、デジタル化、隠された物語、そして実際の利用に至るまでを追跡する。

起源：植物がデータになる方法

植物をデータに変える：深く人間的な体験本号は、アナ・ヴァラダレスによる、標本が単に「データ」にならない理由についてのQ&Aから始まった。野外調査、ラベル、分類、地域的背景、不確実性、そして人間の判断、すべてが重要である。
2万件の作物登録情報を管理する方法私たちを作物遺伝子バンクへと案内してくれた。そこでは、種子を保存するということは、食料安全保障、育種、そして農業の回復力にとって種子に意味を与えるデータの管理も意味するのだ。
デジタル化が標本にさらなる意味を与える方法グレタ・スティーブンソンの菌類コレクションを用いて、デジタル化によって標本と収集家、ネットワーク、アーカイブ、そして見過ごされてきた科学的貢献をいかに結びつけることができるかを示した。

構築：デジタルコレクションを支える技術

ヘザー・コール：デジタル化のための最高のコツ、機器、ソフトウェアカメラ、照明、ソフトウェア、ファイル処理、品質管理、そしてデジタルコレクションが真に利用可能かどうかを左右するあらゆる細かな選択など、実務的な作業を可視化した。
ライト、カメラ、アクション！キュー植物園の大規模な植物標本デジタル化プロジェクトの裏側に迫り、SOTWPFの画期的な成果であるキュー植物園の植物標本館と菌類館の完全デジタル化に直接的に繋がった。
デジタル植物学を身近なものにする3つのツール Wikidata、Herbariograph、そしてAIを活用したワークフローを検証した結果、ツールは良質なデータと専門家の判断に基づいて構築された場合にのみ真価を発揮することが改めて示された。

明らかにする：隠された物語と新たな道

植物標本コレクションは、分類学をはるかに超えた刺激的な新しいキャリアパスを提供する可能性があるバルナバス・ダル氏の研究を通して、植物標本データが生態学、進化論、保全学、気候研究、生物地理学、そしてデータサイエンスを支えるものとなっていることが示された。
コレクションに隠された物語デジタル化されたコレクションが科学、歴史、芸術をどのように結びつけ、標本、絵画、アーカイブ、人名などをまとめて検索できるようにするのかを探求した。
人間と植物のつながりを解き明かす民族植物学コレクションと生物文化知識に焦点を当て、デジタルアクセスがなぜ文脈、同意、保護、および配慮と結び付けられなければならないのかを論じる。

適用：記録から意思決定へ

ボブ・オールキン氏へのインタビュー：ネームゲームについて馴染みのある植物名が複数の種を指し示す場合、何が起こるのか、また、有用な植物データが医療専門家、規制当局、研究者、そして一般の人々にとって役立つものでなければならない理由について質問した。
マリア・スサナ・サンチェス・チャベスがEDGE、データ、そしてメキシコにおけるPinus culminicolaの保全について語る地球規模の自然保護の優先事項が、土地所有権、信頼、柵、苗木、放牧圧、地域固有の知識、そして人々といった現場の現実と衝突したときに何が起こるかを示した。
iNaturalistの写真がデジタル植物学革命にどのように貢献するか日常的に撮影された植物の写真が、研究に活用できるフェノロジーデータへと変換される様子を示した。エリカの記事は、PhenoVisionとPhenoBaseに続くもので、機械学習によってiNaturalistの画像を、都市、地域、気候を問わず植物の開花・結実の記録へと変換し、研究者が植物の生育時期の変化を追跡するのに役立つ方法を紹介している。
植物標本館の生態学：テ・パパ博物館はいかにして植物、人々、そしてデータを結びつけているかテ・パパ国立博物館の植物標本館での活動を紹介するツアーに参加し、植物コレクションをより利用しやすく、相互に関連し、生き生きとしたものにするための取り組みを目の当たりにした。

後ろ一覧シーン

この特集では舞台裏のエピソードが数多く取り上げられてきたので、私たち自身のエピソードも少しご紹介したいと思います。SOTWPFレポートが公開される前から、私たちは「起源」「構築」「公開」「適用」という4つの段階を中心とした大まかな構造を既に構築していました。スプレッドシートは整然としていましたが、実際のプロセスはいつものように、より人間味あふれるものでした。

デジタル植物学特集号の企画シート。最終的な内容は記事の展開に伴って変更されましたが、この構成のおかげで、植物データの起源からツール、隠された物語、そして応用的な意思決定へとスムーズに移行できました。

私は8人の素晴らしいライターたちと一緒に仕事ができたことを、本当に幸運に思っています。彼らの多くは、ブログ記事を書いたり、インタビューをしたり、専門的なテーマを一般向けの記事にしたりするのは初めての経験でした。これは簡単な仕事ではありません。有益な質問をし、注意深く耳を傾け、フォローアップを行い、丁寧に編集し、事実確認を行い、画像を探し、ライセンスを整理し、キャプションを修正し、時にはたった1つの文章が正確かどうかを判断するのに膨大な時間を費やす必要があるのです。

漠然としたアイデアが物語へと形になっていく過程を見るのが大好きでした。ライターたちが自信をつけていく姿を見るのも大好きでした。著作権、パブリックドメインの画像、ラテン語名、標本番号、曖昧な一般名、やや大胆すぎる主張、矛盾する統計、そしてもう一度確認が必要な画像キャプションなど、掘り下げていく過程も大好きでした。こうした細部は些細なことのように思えるかもしれませんが、科学コミュニケーションの信頼性を高める要素の一部なのです。私たちの記事が少し長くなったのは、物語を短くする気になれなかったからです。

優れた科学論文とは、単に結果を説明するだけではありません。その背後にある人々、証拠、そして歴史を尊重することも含まれます。私たちは皆、インタビュー対象者の方々を深く大切に思っています。

Botany One特集号の執筆者をご紹介します。左上から右へ：アナ・ヴァラダレス、フィリッポ・グッソン、ベン・カーソン、マグダ・アプトン、（2列目）アリサ・アブラモヴィッチ、カルロス・A・オルドニェス＝パラ、エリカ・アレハンドラ・チャベス＝ディアス、ジュニパー・キス。出典：各著者。

信頼できる物語の小さなインフラ

この件は、科学コミュニケーションが読者が気づかないようなインフラにどれほど依存しているかを改めて思い起こさせた。Botany One では、「続きを読む」セクションの参考文献は正しく引用する研究者は以下を通じてつながることができます ORCID;また、ブログは次のようなツールで追跡できます。高度計.

特にAltmetricは、研究者が科学論文の出版後の拡散状況を把握するための実用的な手段を提供します。DOIなどの識別子と、ニュースメディア、ブログ、政策文書、特許、Wikipedia、文献管理ツール、ソーシャルメディアなどの情報源における言及を照合することで、研究成果に対するオンラインでの注目度を追跡します。Altmetric Attention Score（AAS）は、この注目度を加重指標として要約したものであり、研究の質を測るものではありません。

例えば、AASは次のように示しました。保全研究や世間の注目は、カリスマ性のある哺乳類に偏りがちである。一方、植物、爬虫類、両生類は注目度が低かった。これらの指標は、研究者がデジタルプラットフォームを移動するにつれて変化する。例えば、 Bluesky誌における科学論文の言及件数の急増 2024年の米国大統領選挙後、アウトリーチデータは研究への関心だけでなく、科学コミュニティがオンラインで集まる場所も反映していることを改めて認識させられた。

また、可能な限りDOIを使用してハイパーリンクを追加するように努めています。そうすることで、ジャーナルのウェブページが変更された場合でも、読者は（願わくば）常に正しい記事にアクセスできるはずです。

Altmetricは、アナ・ヴァラダレスのBotany Oneの記事を取り上げました。人間と植物のつながりを解き明かす」では、ハートらの論文デジタル植物標本館における民族植物学の強化について。ブログ記事でさえ、有用なデジタル痕跡を残す。

画像もまた、新人ライターにとっての教訓の一つでした。オープンライセンスのポータルサイト、例えばウィキメディア·コモンズ, Flickr, テ・パパ国立博物館のオンラインコレクション (NAIST) とアイ・ナチュラリスト許可された画像を使って物語を生き生きと表現することが可能になります。しかし、それらを適切に使用するには、ライセンスの確認、制作者の明記、出典のリンク付けなど、依然として時間がかかります。

調整作業にもちょっとした自動化のストーリーがありました。Google Drive のフォルダと下書き文書は、以下のサポートを受けて準備されました。 Google Appsスクリプトこれは、スプレッドシートを静かに実用的な編集システムへと変え、誰もが自分のワークスペースにアクセスでき、かつリソースを共有できるようにした。

小さなApps Scriptを使って、ラベル付きのGoogleドライブフォルダを作成し、記事用の下書きドキュメントを準備しました。洗練された記事の裏には、皆がスムーズに作業を進めるための、非常に整然としたワークフローが存在することが多いのです。

まだ話し合う必要があること

この問題は何ヶ月も続く可能性があった。

私たちは様々な地域、分野、視点を取り入れようと努めましたが、それでも多くの事例が抜け落ちています。アフリカ、アジア、オーストラリア、太平洋地域、ラテンアメリカの活動、そして普段あまり注目されない地元の機関の活動をもっと取り上げるべきでした。

私たちは、コレクションの背景にある歴史について、率直に語り続ける必要があります。植物標本館、菌類標本館、博物館、種子バンク、アーカイブは、類まれな科学的資源です。しかし同時に、植民地主義、資源の搾取、不平等なアクセス、エリート主義、そして標本が本来の産地や人々から遠ざけられてきた歴史とも深く結びついています。デジタル化によってこうした歴史が消えるわけではありません。むしろ、デジタル化によって歴史がより明確になる場合もあります。また、特にデリケートな場所、伝統的な知識、文化的に重要な情報が十分な検討なしに共有される場合、新たなリスクが生じることもあります。

だから、未来は単に「すべてをデジタル化してオンライン化する」だけでは実現できないのだ。

次の課題はより複雑だ。適切なデータ、適切な人材、適切なワークフローを備えた実用的なデジタルプラットフォームを構築し、植物に関する知識が双方向に流れるようにすることだ。つまり、コレクションから現実世界の意思決定へ、そして人、場所、コミュニティからより良い科学へとフィードバックされるようにすることである。

データが増えたからといって、必ずしもより良い意思決定につながるわけではありません。名前が不明瞭だったり、座標が欠落していたり、フォーマットがアクセスできなかったり、作業が重複していたり、ワークフローが十分に文書化されていなかったりする何百万もの記録があっても、人々は行き詰まってしまう可能性があります。さらに悪いことに、場所、コミュニティ、コレクションから抽出されたデータは、また別の一方通行のシステムになってしまう可能性があります。知識は流出しますが、それが生まれた人々や風景に戻ってくるのはごくわずかです。ボブ・オールキンは指摘した植物に関する情報は、植物学の専門家以外の人々がそれを見つけ、理解し、安全に活用できる場合にのみ有用である。

だからこそ、私たちは自分たちの狭い枠から抜け出す必要があるのです。異なる分類体系、メタデータ標準、データベース、ライセンス、語彙、ソフトウェアシステムは、それらを構築した人々にとっては理にかなっているかもしれませんが、他のすべての人にとって障壁となり得ます。再現性のないワークフロー、アクセスしにくい記録、接続性の低いプラットフォームは、デジタル化が本来支援するはずの作業そのものを遅らせてしまうのです。

重要なのは、すべてを解決する完璧なシステムを一つ作ることではありません。グローバルなプラットフォームとローカルなコレクション、学名と一般的な使用法、標本と意思決定、データ管理者と現場チーム、機関とコミュニティといった、より良い橋渡しを築くことです。

デジタル植物学が最も重要になるのは、記録が単にデータベースに蓄積されるだけでなく、植物、菌類、標本、そしてそれらが生育する景観について、人々がより良い意思決定を行うのに役立つ場合である。

デジタル植物学は、標本、ラベル、画像、物体、そして人々を結びつけ、植物に関する知識を見つけ、理解し、活用することを可能にする。出典：ブリジット・ハットン/クロイツァーら、2026年/キュー王立植物園評議員会 (CC BY)/M. Taniguchi フォンセカ＝クルーエル他、2025年/キューデータポータル、キュー王立植物園（CC BY）/テ・パパ（CA000888/022/0001(CC BY)/マグダ・アプトン

最終的なポイント

科学者の皆様へ： 私たちはあなたの存在を認識し、あなたの活動を称賛します。ここには、あなたの経験やそこから得た教訓を知りたいと願う素晴らしいコミュニティが存在します。どうか孤立して活動しないでください。方法を共有しましょう。失敗を共有しましょう。データを慎重かつ責任を持って共有しましょう。大きな視点で考えてください。SOTWPFレポートが示すように、何百人もの科学者が協力すれば、どれほどの成果を上げられるかを見てください。さらに大きな規模にすることも可能です。

市民科学者およびボランティアの皆様へ： あなたの仕事は、あなたが想像する以上に重要な意味を持っています。散歩中に撮った植物の写真、書き写したラベル、標本、訂正された同定、あるいは植物標本館での午前中の作業は、はるかに大きな証拠基盤の一部となり得るのです。その時は些細なことのように感じるかもしれませんが、決してそうではありません。

データ担当者、ソフトウェアエンジニア、開発者の皆様へ： 皆さんの地道な作業のおかげで、デジタル植物学が実現しています。データベース、識別子、インターフェース、API、エクスポート、スクリプト、標準規格、そしてドキュメントは、将来の研究者が何を見つけ、信頼し、利用できるかを形作っています。皆さんは、自分だけの複雑な略語や専門用語の迷路の中で、舞台裏で「ただ」働いているように感じるかもしれません。時に現実離れした考えを持つ科学者たちに辛抱強く接してくださり、ありがとうございます。皆さんには、コーヒーとケーキをたっぷりご馳走する資格があります。

アーティストやデザイナーの皆様へ： 植物に関する知識の普及にご尽力いただき、ありがとうございます。アート、イラスト、地図、展覧会、そしてビジュアルストーリーテリングは、人々が植物に気づき、理解し、大切に思うようになるのに役立ちます。植物学の知識、データ、そしてコレクションの価値を創造的に伝えるために、皆様のご協力が必要です。

ジャーナリストおよび科学コミュニケーターの皆様へ： どうか、こうした物語を語り続けてください。植物標本館、植物園、博物館、図書館、公文書館を訪れてください。コレクションの背後にいる人々と話してください。楽しい思い出や気まずい出来事について尋ねてください。人々の言葉を注意深く引用してください。資料をきちんと読んでください。素晴らしい舞台裏の人々が認められていると感じさせてあげてください。最高の物語は、しばしばそこから始まるのです。

そして、すべての人にとって： ぜひ周りの世界を見てください。植物標本館、植物園、博物館、図書館、アーカイブをオンラインでも実際に訪れてみてください。植物の写真を撮りましょう。ラベルを読みましょう。標本を採集した人や、それがどこから来たのかを尋ねましょう。可能であればボランティア活動に参加しましょう。iNaturalistを利用しましょう。地元のコレクションを支援しましょう。世界の植物と菌類の現状に関するシンポジウム植物や菌類を身近に感じさせるような物語を共有しましょう。

最終的な考察：デジタル植物学は、記録、人材、プラットフォーム、意思決定が連携しているときに最も効果を発揮する。出典：Juniper Kiss。

正直に言うと、この記事のタイトルを「デジタル植物学：植物、人、地球」にしたかったのですが、素晴らしい雑誌が 植物、人、惑星 最初にそこにたどり着いた。それはふさわしいことのように思える。私たちが取り上げた出版物の多くは、まさにその学際的な領域に位置しており、データ、コレクション、人々、場所といった様々な分野にまたがる研究のための場を提供する学術誌、ブログ、そして公共プラットフォームが必要な理由を示している。

デジタル生物多様性革命は、単にデータに関するものではありません。それは、人々が私たちの小さな地球を記録し、繋げ、守っていくことなのです。読んでいただき、本当にありがとうございました。 「親愛なる読者の皆様」!

続きを読む：

プロコップ、P.Masarovič, R., Hajdúchová, S., Ježová, Z., Zvaríková, M., および Fedor, P. (2022) Altmetric Attention Score で測定した主要な保全ジャーナルにおける魅力的な動物の優先順位。Sustainability、14(24)、pp. 17029。入手先: https://doi.org/10.3390/su142417029.

アロヨ＝マチャド、W., ロビンソン＝ガルシア、N.、および Torres-Salinas, D. (2025) Bluesky に星はあるのか? X と Bluesky 間のオルトメトリック言及の比較探索的分析。Journal of Informetrics、19(3)、pp. 101700。入手先: https://doi.org/10.1016/j.joi.2025.101700.