科学研究のために野外で植物を採取する場合でも、夕食のためにキッチンで調理する場合でも、仕事に適した道具を持つことが重要であることは誰もが知っています。デジタル化についても同様です。物理的な物体をデジタルで保存できるデータや画像に変換することです。近年、自然史や博物館のコレクションをデジタル化しようとする動きが強まっています。生物学博物館のコレクションには、探検家たちが世界中から何世紀も前に収集した生物が収蔵されています。これらの珍しい標本の中には展示会で一般公開されるものもありますが、大多数は舞台裏で、日の目を見る時を待っています。
デジタル化は、各遺物とその由来や識別情報に関するラベルなどの付随情報を徹底的にカタログ化する機会を提供する。このように物理的なオブジェクトのコレクションをデジタルで文書化することは、次のような壊滅的な出来事に対する安全策となる。 2018年にブラジルの国立博物館を壊滅させた火災または、物が紛失する、 2023年に体験した大英博物館デジタル化によってコレクションの管理が容易になるだけでなく、実際に足を運んで見に行くことができない人でもコレクションにアクセスできるようになるほか、デジタルデータや画像のリポジトリがなければ実現不可能な規模での研究や芸術活動の新たな機会が生まれます。では、植物コレクションをデジタル化するにはどうすればよいのでしょうか？
Botany Oneは、カナダ農務・農産食品省（AAFC）生物コレクションの生物多様性データマネージャーであるヘザー・コール博士に話を聞いた。コール博士は、AAFCのコレクションと生物資源のデジタル化の推進と支援に積極的に携わっており、画像とデータの取得、保存、共有に関する標準の開発と実装も行っている。 生物標本コレクションとデータ活用 このプロジェクトにおいて、コール氏と彼女のチームは1日に最大2,000点の植物標本を撮影し、プロジェクト期間中に撮影された標本の総数は60万点を超えた。
デジタル化は、一見単純な疑問から始まります。そもそも、どのようにして標本を撮影したのでしょうか？デジタル化にはどのような機器やソフトウェアを使用しましたか？
私はデジタル化を大きく2つのカテゴリーに分けて考えています。それは画像処理とデータ転写です。 DAO （AAFCの国立維管束植物コレクション）では、植物標本を画像化するために2つの異なるセットアップを使用しています。1つは、 バイオシェアのデジタル化コンベアとカメラを自動化する統合ソフトウェアを搭載しています。キヤノンEOS 5DS RまたはニコンZ7 IIカメラに50mmマクロレンズを装着して使用します。
AAFC国立維管束植物コレクションの高速搬送コンベアベルト
もう1つの方法は、ニューヨーク植物園のモデルに基づいた手動の「ライトボックス」方式です。卓上ボックスの上部に開けられた穴を通してカメラで撮影し、標本を上からと3方向から照らします。ライトボックスには、複写台に取り付けた50mmマクロレンズ付きのCanon EOS 5D Mark II/IIIカメラを使用しています。同様のセットアップは、周囲に十分な照明があれば再現可能です。現在、DAOの標本館では、 指定 標本管理システムとして、可能な限り標本データはデータベースに直接転記されます。それが不可能な場合は、データ構造に関するダーウィン・コアの標準規格に従ってスプレッドシートを使用します。
しかし、画像を撮影するのはほんの始まりに過ぎません。標本を撮影またはスキャンした後、デジタルコレクションの真の価値は、データの構造化、検証、リンク、そして再利用性にかかっています。メタデータや品質保証を含め、データの管理はどのように行いましたか？
デジタル化のこれらの側面は困難です。必要なツール、専門知識、時間がありますが、これらは常に利用できるとは限らず、既存のリソースと将来または理想的な状態を統合するバランスを見つけるのは難しい場合があります。画像処理プロセスでは、標本の色が可能な限り現実的になるように各ワークステーションでカラーキャリブレーションを実行しますが、ワークフローを効率化するために、標本ごとにカメラ設定を調整しません。各画像を視覚的に確認することで、品質の問題を検出できます。AAFCの所有権、著作権、ライセンスを各画像ファイルのメタデータに埋め込んでおり、これには写真に使用されたカメラ設定、日付、マシンにログインした人の名前も含まれます。データ転記については、ラベルデータの解釈方法に関するトレーニングを提供し、上級技術者による抜き打ちチェックを実施しています。スプレッドシートからデータベースにデータをインポートする際、品質チェックには分類学と地理のスペルチェック、日付と地理座標の書式チェックが含まれます。検体データについては、データの転記を行った人物の名前、転記日、および関連するプロトコルまたはプロジェクトを記録します。 市民科学 ワークフローでは、3人の異なるボランティアが各検体から情報を転記するため、データ品質に対する信頼性が大幅に向上します。
英語とフランス語に堪能なコールは、データに基づいた意思決定の推進と、グループ内でのイノベーション文化の醸成に熱心に取り組んでいます。コレクションのデジタル化を始める前に知っておきたかったことは何ですか？
データ転記にスプレッドシートを使用しないでください！一見最も簡単な解決策のように思えるかもしれませんが、データのレビュー、クリーニング、データベースへのインポートを行うための専任担当者とソフトウェアがない限り、すぐに問題が生じます。無料のコレクション管理ソフトウェアシステムは数多く存在し、汎用データベースでもニーズに合わせて設定できる場合がほとんどです。適切なシステムを選択し、設定し、使い方を習得するには最初は時間がかかるかもしれませんが、そのメリットは計り知れません。専用に構築されたデータベースやコレクション管理システムは、より信頼性が高く、一貫性があり、拡張性の高いデータ管理機能を提供するため、デジタル化の取り組みが拡大するにつれて、データの維持管理とアクセスが容易になります。
こうした豊富な経験を活かし、コール氏はデジタルデータ管理におけるベストプラクティスを提唱し、AAFCの生物多様性情報へのアクセスを向上させる市民科学プロジェクトを成功裏に実施してきました。著作権とライセンスに関する彼女の取り組みは、AAFCのデータ資産の責任ある管理をさらに推進しています。さらに、オープンデータとオープンサイエンスの取り組みに対する彼女の熱意は、科学研究における透明性と協働への彼女の献身を反映しています。
コール氏の助言は、デジタル化の本質に立ち返らせるものだ。つまり、良質な画像はもちろん重要だが、優れたシステムも同様に重要だということだ。デジタル化プロジェクトを成功させるには、コレクションに適した機器、記録を再利用可能なデータ標準、そして複雑なスプレッドシートの迷路に陥ることなく拡張可能なワークフローが必要となる。適切に行われたデジタル化は、単に標本を撮影するだけではない。コレクションの管理、共有、研究、そして長期的な保護を容易にすることこそが、デジタル化の本質なのである。
ゲストライタープロフィール
マグダ（彼女）は、イギリスとポーランドの国籍を持つ生態学者で、現在はイギリスのロンドンを拠点に活動している。野外生態学者としての訓練を受けた後、2023年に植物標本のデジタル化とキュレーションへと転身した。キュー王立植物園、南ロンドン植物研究所を経て、この秋にはダブリンのトリニティ・カレッジに加わる予定である。
表紙画像: 標本 ドムベヤ ブルジェシア キュー植物園の標本館からデジタル化されたもの（http://specimens.kew.org/herbarium/K004979670)
