スマートフォンを持っている人なら誰でも、整理待ちの画像が詰まったカメラロールを持っているでしょう。さて、処理しなければならない画像が何百万枚もあり、それに関連するデータも管理しなければならないと想像してみてください。しかも、その中には、200年以上前にろうそくの明かりの下で震える手で手書きされた、綴りが苦手な植物学者のラベルが含まれているとしたらどうでしょう。 ブレビアウリキュラータ…
デジタル化とは、標本一つひとつにデジタルIDを付与することを意味します。具体的には、標本にバーコードを付け、写真を撮影し、ラベルに記載された情報を検索しやすいデータに変換することです。デジタル化以前は、こうした資料の多くは、実際にコレクションを訪れるか、標本を最もよく知る専門家と直接協力できる人だけが十分に活用できるものでした。デジタル化は、それとは全く異なる可能性を秘めていました。世界中の研究者、学生、植物愛好家が、標本を閲覧しやすく、目に見える形で、そして有用なものにできるようになったのです。
この困難な課題は、キュー王立植物園のデジタルコレクションチームが、 DEFRAの重要な資金 2021年に、わずか4年で植物標本コレクションをデジタル化するために着手した。ピーク時には、チームは約 週100,000万検体.
2022年以来、彼らは730万点の植物標本と菌類標本にバーコードを付け、目録を作成し、画像化し、転写してきました。今年3月にプロジェクトが完了したことを受け、Botany Oneは、この取り組みを立案し、最後までやり遂げたチーム、サラ・フィリップス（シニアデジタルコレクションマネージャー）、マリー＝エレーヌ・ウィーチ（リードデジタル化オペレーションマネージャー）、ローラ・グリーン（データおよびイメージングマネージャー）にインタビューを行いました。
多くのユーザーにとって、デジタル画像は標本への最初のアクセスポイントとなるため、画質は非常に重要です。一貫して高い画像品質を維持することと、プロジェクト予算内で作業することのバランスをどのように取ったのですか？
緑： 重要なのは、始める前に何を目標にしているのか、どの品質レベルまで許容できるのかを把握しておくことです。もちろん、非常に高品質な画像を取得したいのは当然ですが、同時にプロジェクトを停滞させたくはありません。Global Types プロジェクトで決定された一般的な基準、例えば 600PPI (コンピューター モニターに表示される画像の 1 インチあたりのピクセル数) でのキャプチャなどがありました。 FADGI規格 (NAIST) と メタモルフォーズガイドライン より定量的なアプローチを取る。
キュー植物園は、標本のデジタル化と文字起こしの大部分を外部の企業に委託することにしました。植物標本のデジタル化にあまり馴染みのない読者のために説明すると、これは標本の高画質画像とラベルから重要な情報を取得することを意味します。データの文字起こしを外部の業者に委託した際の感想はいかがでしたか？
フィリップス以前のデジタル化プロジェクトでは、合格基準と不合格基準について非常に厳格なガイドラインを作成しました。今回は（転写が必要なラベルの数が多かったため）もう少し柔軟に対応しました。転写担当者は解釈を行うのではなく、逐語的な転写のみを行うため、彼らに何を期待するかについては現実的に考える必要があります。テキストが印刷されている場合は、書かれているとおりに転写できるはずですが、手書きの場合は難しい場合があります。私たちは転写担当者向けに多くのガイドラインを作成し、質問があれば直接チームに問い合わせられるように常に連絡を取り合える体制を整えました。彼らはそれに非常に迅速に対応してくれました。完璧な転写を期待すれば10倍の時間がかかるため、最終的に洗練されたものにはならないことは承知していました。たとえば、「国」の欄には多くの空白があるかもしれませんが、それは彼らが間違った推測をしないようにするためです。完全に転写されなかったデータは、他の方法で徐々に埋めていく予定です。
ウィーチ: 私は修正のスプレッドシートを見ていました キュー植物園のデータポータル 今朝、誰かが送ってくれたデータを見ました。実際に私たちのデータを使ってくれている人がいることが分かって、とても嬉しかったです。文字起こし担当者が正しい情報にかなり近いところまで書き起こしてくれたことに、本当に感心しました。素晴らしい出来だと思います！
画像とラベルテキストが取得された後、次の課題は、データが合意された標準に準拠していることを確認し、検索、共有、再利用できるようにすることでした。これはデジタル化のあまり目立たない部分です。何百万もの個々の標本ラベルを、さまざまなデータベースやグローバルな生物多様性プラットフォームで機能する構造化データに変換することです。キュー植物園にとって、どのメタデータ標準を満たすことが最大の課題だったのでしょうか？
フィリップス： 我々は、使用 Darwin Core Archive [異なる機関の標本記録を同じように共有および理解するのに役立つ共通の生物多様性データ標準] そして、統合コレクション管理システムのための独自の標準があります (ICMS）は DwC-A に準拠していますが、より多くのデータが含まれています。また、デジタル標本に関する最小情報 (ミッド) 課題は、データの収集方法とフィールドとの照合方法にあり、フォーマットとデータクリーニングの複数のステップが必要でした。問題があることは承知の上でデータを公開しましたが、グローバル生物多様性情報施設 (GBIFはいくつかの問題点を指摘するのに非常に優れているため、データのアグリゲーターやユーザーからフィードバックを得ることができます。
ウィーチ座標などの項目に多くの誤りがあることを認識しています。 ニッキー・ニコルソン （インテリジェントデータ分析リーダー）は、ジオレファレンシングと外れ値の特定に取り組んでおり、これは座標に関する多くの問題を解決できる方法の一つにすぎません。場合によっては、画像に写っているデータを再検討する必要が生じるでしょう。実際、実物のサンプルを見つけることが、ある意味で最も作業効率を阻害する要因でした。
これはつまり、標本を撮影したり転写したりした時点でデジタル化が完了するわけではないということだ。データが使用、マッピング、または縮尺比較された後に初めて明らかになるエラーもある。
数百万もの標本をデジタル化することは、単なる技術的な課題にとどまりません。それは、異なるチーム、タスク、品質チェックに対応できる、再現性のあるワークフローを設計することも意味します。このプロジェクトにおいて、ワークフロー設計はどれほど重要だったのでしょうか？
フィリップスチームの規模を非常に迅速に拡大する必要があったため、ワークフローを継続的に見直し、調整しました。社内チームとサプライヤーチームそれぞれに特化したワークフローがあり、多くのトレーニングと監督が必要でした。そのスピードと量は時に無謀に思えるほどでしたが、豊富な経験と強力なコアチームがあったおかげで、何とか乗り切ることができました。
これほど大規模なプロジェクトに携わったことで、コレクションそのものに対する見方は変わりましたか？このプロジェクトを通して、最も驚いたことは何ですか？
ウィーチ: 予想以上にダーウィンの標本が見つかりました！デジタル化担当者がダーウィンの標本を見つけたら、グループチャットで投稿してキュレーションチームに知らせるようにしました。以前はツアーや展示で同じダーウィンの標本ばかりを展示していましたが、今では様々な種類の標本を展示できるようになりました！
グリーン最終的にこのプロジェクトには何人くらいが関わったのでしょうか？ 最初はもっと小規模なチームで、もっと小さなレベルでデジタル化を進めていたのに、そこからこんなにたくさんの人が一緒に作業するようになったのは、本当に驚きでした！ パーティーを開いた時に初めて、どれだけの人が協力してこのプロジェクトを成し遂げたのかを実感しました。
フィリップス： 同感です。現場の最中は、ワークフローやマネジメントのことばかり考えてしまいがちですが、同時にチームを管理し、メンバーが満足しているかどうかも確認する必要があります。多くの人がいきなり難しい状況に放り込まれましたが、私たちはいつも力を合わせてタスクをやり遂げることができました。
大規模なデジタル化というと専門的な響きがあるかもしれませんが、このプロジェクトの本質は、キューガーデンのコレクションをより多くの人々に公開することです。何百万もの植物標本や菌類標本（馴染みのあるもの、意外なもの、さらに詳しい調査が必要なものなど）が、大陸を越えて新たな方法で検索、研究、そして相互に繋がることができるようになります。
研究者にとっては、標本記録、画像、ラベルデータへのアクセスが迅速化されることを意味します。植物愛好家、学生、歴史家、そして好奇心旺盛な一般の方々にとっては、世界有数の自然史コレクションをどこからでも探索できる機会となります。このプロジェクトはまた、デジタル化が単一の整然とした手順ではなく、人、ワークフロー、標準規格、品質チェック、解釈、そして多くの問題解決を伴うものであることを示しています。
さあ、周りを見渡してみましょう キュー植物園のデータポータル知っている植物、好きな場所、あるいは聞いたことのある収集家を検索してみてください。数十年前、あるいは数世紀前に収集された標本が見つかるかもしれません。それらは今、新たに公開され、検索可能になり、新たな物語の一部となる準備ができています！
もっと詳しく知る：
グレイブス、E., フィリップス、S.、および Hill, B. (2024) 新規取得植物標本のデジタル化のためのワークフローの合理化：大量デジタル化の中でアーカイブサービス認定基準を満たす。生物多様性情報科学と標準、8。入手先： https://doi.org/10.3897/biss.8.138737.
Wright, I.、Bowles, B.、Murphy, B.、Paton, A.、Liu, U.、Weech, MH、... & Adcock, J. (2026). RBG Kew Science Digitisation Project 2026. 実施経験と教訓。入手先: https://doi.org/10.34885/s29k-4z53
ゲストライタープロフィール
マグダ（彼女）は、イギリスとポーランドの国籍を持つ生態学者で、現在はイギリスのロンドンを拠点に活動している。野外生態学者としての訓練を受けた後、2023年に植物標本のデジタル化とキュレーションへと転身した。キュー王立植物園、南ロンドン植物研究所を経て、この秋にはダブリンのトリニティ・カレッジに加わる予定である。
表紙画像：画像処理ステーションで箱入りのヤシの標本をデジタル化する作業員。出典：マグダ・アプトン
