サイエンスシェアード：9月26日

今週の調査で最も多く共有・いいね・投稿された科学論文20選をご紹介します。今週、アンリ・ポアンカレの言葉が頭に浮かびました。「科学は事実から成り立っている。家が石でできているように。しかし、事実の積み重ねは、石の山が家ではないのと同じように、科学とは言えない。」今週2番目に多く共有された論文は2009年の古いものですが、科学にはデータ以外にも重要な要素があることを、人々は改めて認識する必要があるようです。いつものように、有料購読が必要な論文には💰マークを付けています。それ以外の論文は、調査時点では無料で閲覧できます。

1. 植物ペプチドホルモン：30年にわたる発見と新たなパラダイム
鳥居、KU · 植物生理学 · Blueskyの投稿1件 · いいね60件 · 再投稿22件

本レビューでは、選択されたペプチドホルモンファミリー、Systemin、PSK、INFLORESCENCE DEFICIENT IN ABSCISSION (IDA)/IDA-LIKES、CLAVATA3/EMBRYO SURROUNDING REGION (CLE)、およびEPIDERMAL PATTERNING FACTORs (EPF)/EPF-LIKESに焦点を当て、これらのペプチドとその対応する受容体の個々の発見が、植物ペプチドシグナル伝達における新たな概念をどのように形成してきたかを論じる。

鳥居恵子教授 @keikoutorii.bsky.social · Blueskyにて

私は、AI支援なしの視点レビュー「植物ペプチドホルモン：発見の30年と新たなパラダイム」を創刊100周年記念号で共有できることを誇りに思います。
@plantphys.bsky.social 🌱🍅。オープンアクセスなので、誰でもアクセスできます！ 1/
academic.oup.com/plphys/advan...

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2. 科学における理論の終焉か？
ピグリウッチ、M. EMBOレポート · Blueskyの投稿1件 · いいね52件 · 再投稿16件

哲学者ルートヴィヒ・ヴィトゲンシュタイン（1889-1951）は、「語ることのできない事柄については、沈黙しなければならない」という有名な言葉を残した。彼の助言は特定の文脈でなされたものだが、実際にはクリス・アンダーソン編集長が言うように、一般的な良い助言である。 ワイヤード 雑誌は、耳を傾けるべきだろう。2008年6月23日、アンダーソンは記事を投稿した。 Wired誌 ウェブサイト「理論の終焉：データの洪水が科学的方法を時代遅れにする」から、彼が科学や科学的方法についてほとんど理解していないことは明白である。

Blueskyで議論された @bjenquist.bsky.social.

3. 植物における細胞外タンパク質相互作用を検出するためのTurboIDベースの近接標識法
クトゥブ、AM, シマンスキー、CM, ケトルズ、GJ · bioRxiv · Blueskyの投稿1件 · いいね15件 · 再投稿12件

本研究では、タバコ属植物 Nicotiana benthamiana において、Phytophthora infestans のエリシター INF1 と受容体様タンパク質 (RLP) REL とのよく知られた相互作用を利用して、葉のアポプラストにおけるタンパク質間相互作用を調査するための TurboID ベースの PL 戦略を設計し、検証した。SP-INF1-TurboID (INF1-T) の一過性発現は、天然の INF1 によって引き起こされるものと同等の細胞死 (CD) 応答を誘導し、TurboID タグの融合が REL による INF1 の認識を損なわないことを示した。

4. 大規模な核ゲノムおよび葉緑体ゲノムの系統解析により、被子植物系統分類グループ（APG V）の最新分類が発表された。
ビング、JW 他 ジャーナル・オブ・システマティクス・アンド・エボリューション · Blueskyに関する投稿2件 · いいね15件 · 再投稿9件

本稿では、多くの被子植物種における数百もの核遺伝子および葉緑体遺伝子の広範な最近の解析を考慮したAPG分類の改訂版を提示する。APG分類の以前のバージョンは主に片親遺伝マーカー（葉緑体DNA、典型的には母系遺伝）に基づいていたが、APG IV以降、広範な交雑と祖先多型の遺伝に関する広範な証拠が明らかになってきた。

5. 標高勾配に沿った枯死植物および動物バイオマスの分解速度に対する無脊椎動物および局所環境の影響
Guo、C。 他 生態学的モノグラフ · Blueskyの投稿1件 · いいね15件 · 再投稿9件

本研究では、マクロ気候の指標としての標高と、局所的な条件（微気候、植生、土壌）が、死骸の種類を問わず、分解速度と無脊椎動物への影響にどのように相互作用するかを定量化した。ドイツアルプスの標高勾配（海抜600～2000m）に沿って、5種類の植物または動物の死骸（死骸、糞、葉、ブナ材、トウヒ材）を含む包括的な分解実験を実施した。

ルパート・ザイドル @rupertseidl.bsky.social · Blueskyにて

基質の種類に関わらず、分解には普遍性があるのだろうか？我々は標高を変えて、死骸、糞、葉、木材を研究する実験でこれを検証した。その結果、分解には特異なパターンが見られ、マクロ気候よりも局所的な条件の方が重要であることが分かった。@sebseibold.bsky.social doi.org/10.1002/ecm....

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6. 連鎖優性による組換え制限領域における量的遺伝的変異の維持
趙、Y. 他 bioRxiv · Blueskyの投稿1件 · いいね17件 · 再投稿7件

本研究では、AODを示すゲノム領域に連鎖する弱選択QTLが、無条件に有害な突然変異がない場合に予想される値よりもVAを高めることができることを示す。

7. 遺伝子組み換え作物の導入は、気候変動下における収量と栽培を支える。 ????
ドン、CY 他 自然の気候変動 · Blueskyの投稿1件 · いいね16件 · 再投稿7件

本稿では、過去40年間にわたる遺伝子組み換え（GE）作物の導入が米国に及ぼす影響について、国レベルでの空間分析を行い、GE作物の導入が収量増加と広く関連していることを示す。トウモロコシと大豆では収量の増加と収量変動の減少が見られ、気候変動による収量への悪影響が部分的に緩和されている一方、陸地綿ではその影響はより穏やかであり、GE作物の開発とそれに伴う要因が気候変動によるストレスに対する耐性を向上させていることを示唆している。

植物の進化 🌱🌾 @plantevolution.bsky.social · Blueskyにて

従来の遺伝子組み換え作物は、気候変動に直面する中で、予想外の利点をもたらしている。収量の変動が減り、気候変動による損失が減り、さらには米国におけるトウモロコシと大豆の生産地の北上を遅らせる効果もある。
#気候変動による大惨事
www.nature.com/articles/s41...

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8. 2つの領域の物語：トウモロコシの植物性サイトカインZip1の空間処理
Khan, M. · 植物生理学 · Blueskyの投稿1件 · いいね13件 · 再投稿7件

植物は、環境変化を感知し、適切な反応を調整するために、高度な細胞間コミュニケーションに依存している。これらのプロセスに関与するシグナル伝達分子の中には、植物由来の多様な小型ペプチド群であるフィトサイトカインがあり、これらは成長、発達、およびストレス応答を調節する。.

9. 非コードSNP ELF3 年齢 ELF3β 発現し、シロイヌナズナの大陸性気候への適応をもたらす
バックリー、CR 他 植物生理学 · Blueskyの投稿1件 · いいね13件 · 再投稿6件

植物の概日時計は、成長、生殖、季節的な開花期を決定する生理学的および発生学的プロセスのタイミングを制御します。そのため、時計遺伝子の自然な変異は局所的な適応に直接影響を与える可能性がありますが、選択によってすでに標的とされている時計の構成要素は不明です。私たちは、コア時計遺伝子であるEARLY FLOWERING 3（ELF3）の自然発生的な変異が概日周期の長さを決定し、高温で季節的な気候において選択されてきたことを発見しました。

10. 温度によって誘発される花の発達変化の根底にある遺伝的メカニズム
ライティネン、RAE, エロマア、P. · 実験植物学ジャーナル · Blueskyの投稿1件 · いいね12件 · 再投稿6件

本レビューでは、花形質の温度影響に関する最新の知見をまとめ、温度によって媒介される花の発達変化の根底にある遺伝子とメカニズムを探ります。形質特異的な応答に焦点を当て、温度によって媒介される形質変異の適応的帰結について考察します。

実験植物学ジャーナル @jxbotany.bsky.social · Blueskyにて

🌸🌡️ダーウィンレビュー🌡️🌸

LaitinenとElomaaは、気温の変化が花の発達形質の遺伝的制御とその可塑性に及ぼす影響、そしてそれが植物の適応力と回復力に与える影響に関する現在の知見を概説している。

🔗 doi.org/10.1093/jxb/...

#植物科学 🧪

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11. バイオセンサーにより、危険信号や病原体感染に対する反応として、実生全体で細胞質pHと酸化還元動態に明確な違いがあることが明らかになった。
もっと。 他 実験植物学ジャーナル · Blueskyの投稿1件 · いいね11件 · 再投稿6件

遺伝子コード化バイオセンサー（GEB）を用いて、シロイヌナズナ実生全体における細胞質pHと酸化還元動態を時空間分解能でモニタリングした。多様な危険シグナルによる全体的処理は、まず根で細胞質酸性化と酸化を誘導し、続いて葉柄、そして後に胚軸へと広がり、器官特異的な応答性と双方向の応答勾配を明らかにした。対照的に、Pseudomonas syringae pv. tomato (Pto) DC3000は、PAMPsと同時処理した場合でも、接種したシュートにおいて持続的な細胞質アルカリ化を誘導し、酸化還元応答を抑制した。

12. 単一細胞トランスクリプトーム解析により、トウモロコシ胚珠発生におけるMADSボックス遺伝子の分子経路が明らかになった。 ????
李、Y。 他 植物細胞 · Blueskyの投稿1件 · いいね8件 · 再投稿7件

本研究では、単一細胞トランスクリプトーム解析により、ZmMADS8/14が胚珠細胞の分化を制御し、mads8;14変異体では枝状構造が花芽分裂組織の終結異常および胚珠表皮細胞の増殖亢進と関連していることが明らかになった。

13. 植物のストレスと発達における生体分子凝縮体：最近の進歩と新たな概念
マルリ＝ロペス、I. 他 実験植物学ジャーナル · Blueskyの投稿1件 · いいね10件 · 再投稿6件

本稿では、植物の発達とストレス応答における凝縮体の機能に関する現在の知見を統合し、メカニズムに関する理解が最も進んでいるシロイヌナズナに焦点を当てる。

14. 紅藻の構造発色を支える多層構造のクチクラは、多細胞動物の細胞外マトリックスと共通の特徴を持っている。 ????
フィリップ、G. 他 米国科学アカデミー紀要 · Blueskyの投稿1件 · いいね9件 · 再投稿6件

本研究では、ゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析、メタボローム解析を統合したアプローチと炭水化物の分析プロファイリングを組み合わせて、紅藻の多層構造のクチクラの組成を決定した。 コンドラスクリスプ そして、その進化的な保存性を評価する。

15. 成長の低下と細枝化の同時発生は、干ばつによるヨーロッパブナの枯死の始まりを示す兆候である。
シュミート、G. 他 New Phytologist · Blueskyの投稿1件 · いいね8件 · 再投稿6件

深刻かつ繰り返される干ばつにより、ヨーロッパの森林では広範囲にわたる樹冠の衰退と枯死が発生しています。干ばつによる枯死は、構造的損傷と生理的機能不全によって樹木の回復能力が損なわれたときに発生しますが、樹木が可逆的なストレスから不可逆的な活力喪失へと移行する時期は、樹木全体レベルでは依然として不明です。私たちは、地上レーザースキャンから得られた細枝構造に関する詳細な情報と、174本の樹木からの半径方向の成長データを組み合わせ、ヨーロッパブナ（ ヨーロッパブナ ).

16. CERK1を介したニトリラーゼのリン酸化はオーキシン生合成を活性化し、耐性を促進する。 ボトリチスシネレア ????
鄭、J. 他 植物細胞 · Blueskyの投稿1件 · いいね12件 · 再投稿4件

本研究では、感染時のオーキシン生合成の主要構成要素として、ニトリラーゼNIT1、NIT2、およびNIT3を同定した。キチンを認識すると、CERK1はニトリラーゼと結合してリン酸化することで、インドール-3-アセトニトリル（IAN）からインドール-3-酢酸（IAA）への変換を促進し、オーキシンシグナル伝達を活性化してボトリティス・シネレアに対する抵抗性を高める。

17. LEAFYの構造進化により、水生から陸生への移行におけるDNAを介した協調性と二量体化の変化が明らかになった ????
Verhage, L. 他 分子植物 · Blueskyの投稿1件 · いいね8件 · 再投稿5件

本研究では、実験的な構造決定と生化学的アッセイを組み合わせることで、LFYの二量体化とDNA結合特異性が水陸移行期にどのように変化したかを明らかにします。また、ツノゴケ由来のLFY DNA結合ドメイン（DBD）の結晶構造を提示します。 Nothoceros aenigmaticus そして藻類 インターフィラム・パラドクサムDNAに結合し、2つの異なる二量体化メカニズムを示す。1つはタンパク質間の直接的な相互作用によって媒介されるものであり、もう1つはDNAを介した協調作用によって駆動されるものである。

18. ZmBBM2-BBIP1-RCC1-4モジュールはトウモロコシのカルス成長と遺伝子形質転換効率を向上させる
ふ、Q. 他 植物生理学 · Blueskyの投稿1件 · いいね7件 · 再投稿5件

BABY BOOM (BBM) は、AINTEGUMENTA-LIKE (AIL) サブファミリーに属する AP2 転写因子をコードしており、胚発生のマスターレギュレーターとして広く認識されています。トウモロコシでは、ZmBBM の異所性発現により、複数の近交系において遺伝子形質転換効率が著しく向上します。同様に、トウモロコシの別の BBM ホモログである ZmBBM2 の過剰発現は、カルスの急速な増殖を促進し、優良遺伝資源における形質転換効率を大幅に向上させます。

19. 植物特殊代謝産物の非防御機能：生態学的現象、分子メカニズム、および進化的意義
カーリー、LN · New Phytologist · Blueskyの投稿1件 · いいね7件 · 再投稿5件

植物化学の研究枠組みでは、防御化学の進化は主に草食動物によって形成されるという前提がしばしば用いられている。しかし、防御化学の変異が非防御機能や相互作用にも影響を与えるという証拠がますます増えている。こうした相関効果は広範囲に及び、多面発現から共通制御、過去の自然選択の相関まで、多様な分子メカニズムから生じる可能性がある。

20. 実現しよう：PICARD-seqによるONTプラットフォーム上での迅速かつ手頃な価格のプラスミドシーケンス
ウォルターズ、R. 他 bioRxiv · Blueskyの投稿1件 · いいね12件 · 再投稿3件

プラスミド構築は分子生物学と合成生物学の基盤となる技術ですが、検証は挿入された断片に限定されることが多く、プラスミド全体は検証されない場合が多く、実験室で作られたプラスミドの約3分の1には機能に影響を与える可能性のある配列エラーが含まれています。サンガーシーケンスはプラスミド全体に対してスケーラビリティが低く、ショートリード法では合成構築物によく見られるプロモーターなどの反復DNA部分を解読できません。本稿では、市販のTn5迅速バーコーディング試薬とMinIONを用いて、1日以内にプラスミド全体のプールをシーケンスできる高速ナノポアベースのプロトコルであるPICARD-seqを紹介し、得られたデータの解析に利用できる計算パイプラインを体系的にベンチマークします。

表紙画像： パラロイコブリウム・エネルベ by ステファン・ゲイ / iNaturalist BY-NC CC